Википедия:
Название реки дали еще марийцы — древние обитатели этих мест. В марийском языке много слов с корнем «шар». В данном случае более подходит горно-марийское слово «шараш», что означает «лужа», или лугово-марийское «шор» — речка. На языке местных марийцев слово Шарья и означает речка[1]. В отличие от станции в дальнейшем эту речку стали называть ласковее — Шарьинка. В данный момент, к сожалению, Шарьинка заболочена.
В «марийском много слов с корнем «шар»», а в каком языке мало слов с корнем шар??? :) В русском например есть глагол шарить. Кстати у Фасмера довольно неопределенная этимология дана глаголу шарить:
« ша́рить
ша́рю. Неотделимо от ша́ркать. Созвучие с нем. scharren "копать, разгребать", schüren "разгребать" случайно, вопреки Горяеву (ЭС 418); см. Преобр., Труды 1, 88. Сближение с шар I (Брандт, РФВ 24, 190) тоже ничего не дает.»
Какие еще топонимы в Википедии:
гидронимы
Есть гидроним Большая Шорья, в нижегородской области ближе к Марийцам, но она так и есть Шорья, а не Шарья. Хотя подмена гласных процесс очень быстрый, в данном случае это замечание имеет существенное значение, поскольку северные говоры и костромской ни когда не выделялись "аканьем". Поэтому переход в древнем топониме звука "о" в "а" нам видится маловероятным. Но учитывая непостоянство огласовки, нельзя отрицать и возможной связи со словом «широкий» (ширь), есть в Ярославской области поселок Ширинье, в Московской и Тульской - Ширино.
И странно, что Фасмер не находит связь между шарить и широкий.
Кстати, окончание «-я» в данном случае можно объяснить как обычное «-а», т.е. окончание женского рода. Ведь Шарья = Шарьйа, как и в топониме Шуя = Шуйа. Тогда настоящий корень будет «шарьй», что попросту видимо и есть «шарь». Ведь в слове «шаря» звук «р» звучит как мягкий «рь», но если для образования краткой формы прилагательного женского рода, которыми являются названия рек поставить после «р» окончание «-а», то без смягчения корень «шарь» превратится в «шар». А уже для перехода с мягкого «рь» на «а» появляется промежуточный «й», что вызвало конечную форму «рья» (рьйа).
Шарья